В период пандемии Covid-19 с 2020 г. Алёна занимала должность врача-стажёра, затем ответственного терапевта в отделениях общесоматического и реанимационного профилей больницы № 15 им. О. М. Филатова.
С 2022 г. по 2023 г. работала врачом-терапевтом в условиях отделений реанимации и интенсивной терапии общего, хирургического профилей, а также интенсивной терапии с применением экстракорпоральных методов лечения. Параллельно работала врачом-терапевтом отделений патологии беременности родильного дома городской клинической больницы № 15.
С сентября 2023 г. Алёна занимает должность врача-терапевта, исполняющего обязанности заведующего Диагностическим отделением № 2 Флагманского центра больницы № 15. Принимала активное участие в подготовке к открытию Флагманских центров в Москве, а также в разработке стандартов оказания экстренной помощи по профилям «Терапия» и «Кардиология». Кроме того, Алёна Фомина создала алгоритмы проведения диагностики и лечения различных заболеваний.